一、步進電機工作方式選擇
三相反應式步進電機的基本工作方式有三種，即單三拍工作方式、雙三拍工作方式和六拍工作方式，當步進電機工作在六拍工作方式時、步進電機旋轉時有較好的平滑性，同時也能產生較大的旋轉力矩，因此，規定步進電機工作在六拍工作方式，以滿足流動注射分析系統對蠕動泵的要求。
二、蠕動泵的速度控制
通過鍵盤可在規定的范圍內任意設定蠕動泵的運行速度。微機系統接收這一速度值后經過對其進行運算處理，把它存入內部寄存器中，并以該數據作為定時子程序的定時數據。單片機每執行一次定時子程序后，就把相應的步進編碼送到P1口，控制步進電機執行一次步進。這樣通過改變輸入的速度值，就可改變蠕動泵的運行速度，以滿足不同分析方式的要求。
三、蠕動泵的方向控制
蠕動泵的運行方向是通過改變驅動步進電機的步進編碼的輸出順序實現的，根據其電位高低來決定輸出步進編碼的順序，以此達到控制蠕動泵運行方向的目的。
四、蠕動泵的運行時間控制
蠕動泵的運行時間通過鍵盤設定。